Gunslinger Girl nos narra la historia de una serie de chicas, que tras estar en el borde entre la vida y la muerte, han sido preparadas y modificadas para convertirse en las mejores asesinas. Su apariencia angelical hacen que nadie desconfie de estas niñas malvadas y sin sentimientos.
No son tomadas como seres humanos debido a las modificaciones que han sufrido en su cuerpo y mente, sus ahora jefes las han convertido en cyborgs con apariencia humana y sin rastro de un pasado en su cerebro.
